小腹痛有许多原因,小腹痛多见于下面脏器的病症,包含膀胱、下段输尿管、卵巢与子宫、盆位阑尾,常见的临床病症有输尿管下结石、膀胱结石、急性膀胱炎、急性肠炎、小肠憩室炎、盆位阑尾炎、乙状结肠或直肠肿瘤并梗阻、直肠炎。
此外,下尿路感染也能反射性的引发下腹痛。在妇科方面,例如盆腔炎卵、子宫内膜异位症、宫外孕破裂、巢囊肿蒂扭转等,都能导致腹痛。