病毒性心肌炎的诊断主要是临床诊断。应根据患者典型的感染前病史、相应的临床表现和体征、典型的心电图改变、异常的心肌酶学检查或超声心动图和心脏磁共振显示的心肌损伤证据考虑病毒性心肌炎的可能性。
诊断取决于心内膜心肌活检。同时,应注意排除其他疾病引起的心肌炎,如结缔组织病、药物和毒物等。